1986년 한글학회에서 발간한 ‘한국지명총람’에 따르면 ‘이태원’이라는 지명에는 두 가지 유래가 존재한다고 되어 있다. 배나무 이(梨)와 역원(驛院)의 원에서 따온 이태원(梨泰院)이라는 설과 다를 이(異)와 태반 태(胎)를 사용한 이태원(異胎圓)이라는 전혀 다른 의미의 설도 있다.

이태원은 한양 사대문 밖에 위치한 4대 역원 중 하나로, 유난히 배밭이 많았다는 데서 비롯한 이태원(梨泰院) 이름이 유래했다는 것이다. 한편 여기에는 임진왜란 후 일본으로 돌아가지 못한 일본인, 임진왜란 중 일본군에게 성폭행을 당한 여성과 그 여성들이 낳은 아이들이 모여 살던 동네라는 이태원(異胎圓)이라는 의미가 담겨 있다.

임진왜란 때 당시 이곳에는 여승인 비구니들이 수도하는 운종사(雲鍾寺)라는 절이 있었다. 왜적이 임진왜란 당시 이곳에 주둔하면서 여승들을 겁탈하는 만행을 저질렀다. 왜군이 서울에서 물러나자 조정은 왜군에게 겁탈 당해 낳은 아이들 문제로 고심하였다. 마침내 조정에서는 운종사 여승을 포함하여 왜적의 아이를 낳은 부녀자들을 벌하지 않기로 하고 이곳에 보육원을 지어 그 아이들을 기르게 해, 그때부터 이곳을 이태원(異胎院)이라고 부르게 되었다고 한다. 또 임진왜란 때 항복한 왜군들이 조선에 귀화하여 여기에 모여 살았으므로 이타인(異他人)이라고 부르기도 했다. 지금의 이태원(梨泰院)으로 쓰인 것은 효종 때 이곳에 배나무를 많이 심어 재배했기 때문에 바뀌게 되었다.